La Junta Directiva de la Asamblea Legislativa está integrada por una Presidencia, Vicepresidencias y Secretarías. Se conforma procurando la participación de todos los grupos parlamentarios, con base a los criterios de pluralidad y proporcionalidad, de conformidad al Protocolo de Entendimientos.
La Junta Directiva está obligada a cumplir y hacer cumplir las funciones que le designa tanto la Constitución de la República, como el Reglamento Interior de la Asamblea Legislativa (RIAL) y las leyes secundarias.
Conformación de la actual Junta Directiva
| Sigfrido Reyes | Presidencia |
| Alberto Armando Romero Rodríguez | Primera Vicepresidencia |
| Guillermo Antonio Gallegos Navarrete | Segunda Vicepresidencia |
| José Francisco Merino López | Tercera Vicepresidencia |
| Francisco Roberto Lorenzana Durán | Cuarta Vicepresidencia |
| Roberto José d'Aubuisson Munguía | Quinta Vicepresidencia |
| Lorena Guadalupe Peña Mendoza | Primera Secretaría |
| Carmen Elena Calderón Sol de Escalón | Segunda Secretaría |
| Sandra Marlene Salgado García | Tercera Secretaría |
| José Rafael Machuca Zelaya | Cuarta Secretaría |
| Lourdes Palacios | Quinta Secretaría |
| Margarita Escobar | Sexta Secretaría |
| Rodrigo Samayoa Rivas | Séptima Secretaría |
| Reynaldo Antonio López Cardoza | Octava Secretaría |